Nga këndvështrimi i fiziologjisë, trajnimi autogjenik lejon kontrollimin e proceseve të ngacmimit dhe pengimit, duke arritur balancimin e tyre. Me përdorimin e vazhdueshëm të kësaj teknike, aftësia e trupit për t'u përshtatur shpejt me ndryshimin e kushteve mjedisore është rritur, proceset mendore janë aktivizuar, puna e sistemit nervor është normalizuar dhe kujtesa është përmirësuar. Me rëndësi të madhe është trajnimi autogjen për largimin e sindromës lodhje, duke rikthyer gjendjen emocionale normale të organizmit pas stresit të transferuar, për të përmirësuar kujtesën dhe vëmendjen. Për qëllime terapeutike, kjo teknikë përdoret për neuroza dhe çrregullime të tjera funksionale, si dhe për normalizimin e punës së sistemeve bazë të trupit dhe rregullimin e proceseve metabolike.
Trajnimi autogjen është në dispozicion për studim dhe asimilim pothuajse të gjithë. Meqenëse rëndësia e kësaj teknike psiko-higjienike për funksionimin normal të trupit është thjesht e paçmuar, dhe për vetë trajnimin nuk kërkohet asnjë pajisje e veçantë ose simulator, atëherë për këdo që dëshiron të mësojë metodat e trajnimit autogjen, është vetëm disa minuta në ditë për ushtrime të tilla. Megjithatë, edhe një kohë kaq e shkurtër do të jetë e mjaftueshme për formimin e aftësisë për tensioni dhe relaksimi i muskujve, përqendrimi në objektin e zgjedhur, rregullimi i gjendjes emocionale, ruajtja e funksionimit normal të pjesës autonome të sistemit nervor dhe në këtë mënyrë monitorimi i gjendjes funksionale të organeve të brendshme.
Pjesa kryesore e trajnimit autogjen është procesi i autosuggestionit, në të cilin përdoren format verbale. Frazat duhet të shqiptohen me një ton imperativ nga personi i parë i njëjti, dmth. Duhet të fillojnë përafërsisht kështu: "Unë jam i qetë ... ndihem i sigurt ..." etj. Në përputhje me rregullat e trajnimit autogjenik, në fraza të tilla nuk duhet të përdoret grimca "jo", domethënë në vend të shprehjes "Unë nuk jam i sëmurë", më duhet të them "Unë jam i shëndetshëm" dhe në vend të "Nuk jam i shqetësuar fare" është më mirë të thuash "Unë jam absolutisht i qetë". Dhe këto shprehje duhet të shpallen në një mënyrë të caktuar. Në fillim të ushtrimit, frazat duhet të theksohen për t'u çlodhur dhe për t'u çlodhur, pastaj frazat që ndikojnë qëllimisht në trup dhe ndihmojnë në arritjen e detyrave themelore psikoterapeutike të seancës, dhe kur ushtrimi është i përfunduar, shprehjet që duhet të çlodhen dhe kanë një efekt mobilizimi. Me ekzekutimin e duhur të teknikës, një person bie në një gjendje gjysmë-daemon të lehta, gjatë së cilës ndodh një vetë-hipnozë vetë-ndihme, e cila ndihmon në ruajtjen e funksionimit normal të trupit.
Është vërtetuar se me lloje të ndryshme të gjendjes emocionale, ekziston një tension në rritje i një ose një grupi muskujsh. Për shembull, nëse gjendja është e keqe, ekziston një tension në rritje në muskujt e sistemit të frymëmarrjes, dhe me frikë, tensioni i muskujve të fytyrës rritet. Prandaj, duke arritur gjatë trajnimit autogjen të relaksimit të një muskulature të caktuar, mund të sigurohet funksionimi normal i organizmit dhe të ndryshohet për gjendjen më të mirë psikologjike. Kështu, në bazë të lidhjes mes grupeve të muskujve dhe gjendjes emocionale të trupit, është e mundur që të zvogëlohet ndjeshëm emocionalizmi neuro-emocional, zvogëlimi i lodhjes dhe në këtë mënyrë promovimi i restaurimit të shpejtë të nivelit të kërkuar të efikasitetit.
Përkundër thjeshtësisë së dukshme të trajnimit autolog dhe vlerës së madhe pozitive për funksionimin normal të trupit, ka ende disa vështirësi në përdorimin e kësaj teknike. Për shembull, për fëmijët nën moshën 12 vjeç, përdorimi i trajnimit autogjen shpesh është joefektiv, sepse në këtë periudhë moshe nuk ka ende një qëndrim të vetëdijshëm ndaj personalitetit të tij. Njerëzit e moshuar gjithashtu mund të kenë disa vështirësi në përpjekjen për të zotëruar këtë teknikë psiko-higjienike, pasi që me moshën, toni i muskujve të striuar është në rënie të vazhdueshme dhe kontrollimi i relaksimit të muskujve bëhet shumë më i vështirë.